Darnius està situat a 17 km. de Figueres, a 30 km. de Roses, i a 10 km. de la frontera amb França.
Limita al nord amb Agullana i la Vajol, a l’est amb Capmany, al sud amb Biure, Boadella d’Empordà, Terrades i Sant Llorens de la Muga i a l’oest amb maçanet de Cabrenys.
Presenta un relleu variat i accidentat pels contraforts meridionals de la Serra de les Salines. Es troba a 193 metres d’altitud sobre el nivell del mar.
Paral·lelament als sistemes muntanyencs hi ha les valls dels rius Arnera, Muga i Ricardell. Els dos primers moren a l’embassament, el Ricardell davalla cap a la plana, a l’est el Llobregat voreja el terme.